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Dicom XML vers HPRIM
DICOM2HPRIM : DicomXprim 1
Version 1
vendredi 1er novembre 2013, par
DICOM X PRIM
Contraction de DICOM XML vers HPRIM, permet de convertir un compte rendu DICOM généré par un échographe en un fichier HPRIM intégrable au dossier médical
Le compte rendu XML ressemble à ça
DicomXprim le ressort de cette façon
FONCTIONNEMENT
DicomXprim fonctionne en mode manuel ou automatique, il peut convertir un seul fichier, ou toute une liste
En mode automatique il est réduit dans la barre des tâches, et convertit régulièrement tout ce qui arrive dans son dossier de travail.
DicomXprim est l’héritié de V2Viewer qui faisait la même chose avec le dossier BINAIRE V2
- La gestion du mode textuel structuré XML rend la manipulation de l’information beaucoup plus rigoureuse.
Ce projet est inspiré par le Dr A.Godard chef de service de maternité de Châtellerault qui s’en sert régulièrement
Dans le cadre du projet "Drag and Doc" (déposez et c’est classé) la plupart des actions sur les dossiers ou les fichiers peuvent être pilotées à la souris en déposant le ficher ou le dossier (au bon endroit) sur le programme
Par exemple si je dépose :
| FICHIER.XML | La liste des fichiers XML s’affiche |
| traductions.txt | Le module de traduction s’ouvre et charge la nouvelle liste |
| Dossier HPRIM | Le chemin de destination pour HPM est mémorisé |
Cette simplicité de programmation repose sur le composant JvDrag, (module System) de la Librairie Libre JEDI
MODE D’EMPLOI
Une petite vidéo de démonstration explique brièvement le fonctionnement de DicomX’ (mettre la vidéo en plein écran pour voir quelque chose (carré [ ] en bas à droite)
Le fichier XML est injecté par le haut et le fichier HPRIM s’affiche sur le panneau inférieur.
Il suffit de déposer un fichier sur la liste du haut, ou un dossier sur son sélecteur (en jaune) pour mémoriser le chemin des fichiers XML et en afficher la liste.
De même dans ce projet "full drag and drop" il suffit de déposer une liste de traductions, ou de suppressions pour l’intégrer à l’interface
Il suffit de déposer le Dossier des fichiers HPRIM sur le sélecteur pour mémoriser son chemin
Un clic droit permet à tout moment d’ouvrir un menu contextuel.
La plupart des actions sont accessibles à partir d’un raccourci clavier
- L’affichage des modules par exemple se fait par la combinaison :
| ALT + touche |
LA BARRE D’OUTILS
- Ouvrir un fichier XML
- Enregistrer au format HPRIM
- Lancer le traitement manuel de toute la liste
- Lancer/Arrêter le compte à rebours
- Fermer le programme
Clic droit :
réglage de l’intervalle de la minuterie
PRISE EN MAINS
La prise en main se veut simple et instinctive
-1- Injecter une liste de fichiers XML à traiter :
- Ouvrir le dossier ou l’échographe enregistre ses fichiers XML
- Prendre l’un de ces fichiers avec la souris et le déposer sur le panneau du haut
- La liste de tous les fichiers XML du dossier apparait
- Le premier des fichiers de la liste est interprété dans la zone de texte
- Il n’y a pas encore de fichier dans le dossier HPRIM
-2- Choisir un endroit ou enregistrer les fichiers HPRIM
Il suffit cliquer sur la disquette, ou de double cliquer sur le fichier XML dans la liste, ou de cliquer droit sur le texte, ou de taper simplement CTRL+S pour ouvrir une boite de dialogue, qui permet de choisir un dossier HPRIM
Le dossier HPRIM correspond à l’endroit ou le logiciel va chercher les fichiers HPRIM pour les lire et les intégrer au dossier médical
Par exemple pour GYNELOG, ce dossier est
| gynelog/hprim/resultats/publics/ |
Une fois enregistré une première fois, le dossier est mémorisé poru tout le reste
-3- Traiter toute la liste en une seule passe
Il suffit de cliquer sur l’étoile
Voir également
| MENU ACTIONS | Forcer |
| Clic Droit sur XML | Forcer |
| Touche | F9 |
-4- Traitement automatique en tâche de fond
Cela permet au programme de fonctionner de façon totalement autonome en arrière plan, sans aucune intervention manuelle.
Clic sur le CHRONOMÈTRE
Mais aussi
| MENU ACTIONS | Minuterie |
| MENU Barre des taches | Minuterie |
| Touches | CTRL+M |
le délai de minuterie se paramètre en secondes
- Clic droit sur le chronomètre
- OU
| Menu OPTIONS | Intervalle |
| Touches | MAJ + CTRL + I |
LES MODULES
DicomXprim est livré avec 3 modules :
- Traduction
- Suppression
- Ligne 1
-1- le Module Traduction
Permet de traduire les expressions techniques, ésotériques, anglophones en un langage personnel, officiel et compréhensible
Nous ne disons par exemple pas :
| Biparietal Diameter |
Mais
| BIP |
DicomXlm contient un dictionnaire intégré qui peut être activé par le Menu
| Options | Traduire |
| Touches | CTRL+ALT+T) |
Ce dictionnaire peut être consulté, modifié et enrichi, et bien sur partagé puisque le dictionnaire est sauvegardé dans le fichier "traductions.txt"
- Il suffit de remplacer ce fichier avant l’ouverture
- Ou le déposer sur le programme ouvert,
Pour qu’il soit automatiquement importé.
| Affichage | Traduction |
| Touches | ALT+T |
Pour injecter directement un mot sélectionné à traduire dans le dictionnaire
| Clic Droit sur le mot | Traduire |
| Touches | Maj+CTRL+T |
NB : Le dictionnaire peut être trié par un clic droit
-2- le Module Suppression
Le rapport XML généré par la machine peut être bancal ou incomplet
le module de suppression permet de sélectionner tout ou partie d’une ligne inutile dans le résultat
Cette suppression s’appliquera ensuite à toute les documents qui contiennent l’expression sélectionnée
L’algorithme de suppression est fondée sur le critère
| Si la ligne comme par ... | Supprimer toute la ligne |
Par exemple si
- Expression =
| Left |
- La ligne suivant sera supprimée
| Left Ovary |
- La Ligne suivante sera conservée
| Laterality = Left |
Pour injecter une expression à supprimer
| Maj+CTRL | S |
Pour Ouvrir le Module de Suppression
| ALT | S |
Pour Activer le Mode "Suppression"
| CTRL+ALT | S |
Également accessible par les Menus
- Afficher
- Options
Et par le clic droit sur le texte
-3- le Module Ligne 1
Est spécifique de certains programmes médicaux (Gynélog-MédyCS) qui ont besoin de lire la 1ère ligne du fichier HPRIM, pour ouvrir un questionnaire adapté au résultat à lire.
Il fonctionne de cette façon :
- Si l’expression
| est trouvée dans le texte |
- Alors la Ligne 1 de l’entête HPRIM est modifiée
| De cette façon |
ATTENTION ici l’algorithme est assez précis
| Dès qu’une occurrence est trouvée |
| La boucle s’arrête |
Par exemple :
Si l’expression
| Fetus |
trouvée dans le texte
Écrit en ligne 1
| Echo OBS |
Si l’expression :
| Fetuses |
Déclenche en Ligne 1
| Echo OBS MULTIPLE |
Il faut toujours écrire dans l’ordre, l’expression la plus complexe en haut
| 1 | Fetuses | Echo OBS MULTIPLE |
| 2 | Fetus | Echo OBS |
Si je tape :
| Fetus |
Fetus sera trouvé en 1 dans Fetuses
Puis remplacé en 2 par Fetus
Donnant le Titre
| Echo OBS |
Si je tape
| Fetuses |
Qui sera trouvé en 1 et pas en 2,
J’aurais
| Echo OBS MULTIPLE |
Donnant le titre voulu
| Echo OBS MULTIPLE |
Alors que si j’avais écrit
| 1 | Fetus | Echo OBS |
| 2 | Fetuses | Echo OBS MULTIPLE |
Avec Fetus ou Fetuses j’aurais toujours eu :
| Echo OBS MULTIPLE |
L’ordre des expressions à évaluer est donc fondamental
LES OPTIONS
| Option | Action | Exemple |
| Intervalle | Délai de la minuterie en secondes | 30 minutes => 1800 |
| Médecin | Nom du médecin qui apparait en ligne 12 de l’entête HPRIM | BlueGYN |
| Convertir | force l’écriture des valeurs en millimètres | 3,5 cm => 35 mm |
| Traduire | Remplace toutes les occurrences du texte, par leur équivalent dans le dictionnaire | Biparietal Diameter = BIP |
| Supprimer les lignes | Supprime toutes les lignes commençant par une expression listée dans le module "Suppression" | Measurement Group |
| Sauts de ligne | Aère ou compresse le texte | - |
| Fin fichier | Rajoute la marque HPRIM ****FINFICHIER**** | - |
| Négatives | prend la valeur absolue des valeurs | -123 => 123 |
| Non Numériques | Élimine les mesures dont la valeurs n’est ni un chiffre, ni une date | Valeur=G-2345 |
| Trop grande | Les valeurs supérieures à 90.000 sont improbables | - |
| Vides | Supprime les fichiers XML mal foutus | vides ou sans nom de patient |
| Corbeille | Les XML sont placés dans la corbeille à la fin du traitement | - |
| Fermer | Le clic sur la case de fermeture ferme le programme au lieu de le réduire dans la barre des tâches | - |
| restaure | Replace en mémoire les paramètres d’ouverture | - |
| Sauve | régénère le fichier INI | - |
