MEDICOM-X (Medison-Dicom-Extractor)

 Est un grand projet,
d’archivage,
de visualisation
et de rédaction de compte rendus complexes  automatisés
à partir d’archives DICOM, réalisées par un échographe Médison (Samsung) le modèle :  X8 et surtout Accuvix V20+++

 

 

Dans la rubrique “Projets” nous mettons des programmes en cours de développement, et ce n’est pas parce qu’ils fonctionnent chez le programmeur qu’ils vont fonctionner chez vous. Vous devez lire la totalité de la présentation avant de les tester. La précaution élémentaire est de ne jamais travailler sans filet, sur la sauvegarde elle même mais sur sa copie. (Ce programme ne peut endommager votre système mais peut modifier vos données DICOM et les rendre inutilisables)

 

Medicom comporte 3 modules :

1. MEDI_CONVERT : Conversion de l’Archive MEDISON/DICOM en dossiers patients (gain de place par 50)
2. MEDI_VIEWER : Visualisation des Images d’échographies rangées par date pour chaque patient. (moteur de recherche)
3. MEDI_PRINT : (inclus dans 2) rédaction automatisée d’un compte rendu à partir des  mesures enregistrées dans l’archive Dicom.

Prérequis :

• La connexion DICOM-Directe de l’échographe à l’ordinateur étant facturée par certains constructeurs autour de 10.000 euros (dix-mille), nous utiliserons les données de l’archivage (fonction Sauvegarder du logiciel embarqué ViewPoint), qui génère sur un support externe, une archive dicom facile à exploiter, ce qui nécessite une manipulation supplémentaire
• Nous utilisons personnellement une CARTE SD, branchée sur un adaptateur de cartes USB, car c’est une solution économique, permettant un jeu de cartes (mais il est possible d’utiliser une clef USB, ou un disque dur externe – celui ci bénéficiant d’une énorme capacité) On regrette que l’enregistrement ne soit pas possible en réseau…
• MEDICOM-X va modifier profondément la structure de la sauvegarde DICOM, et il ne sera plus possible de faire une restauration des images sur l’échographe après ce traitement
  • Il est donc recommandé de travailler uniquement sur une copie de la sauvegarde (si on a l’intention d’en refaire une restauration surtout pour les données récentes +++)
  • Dans les faits cette restauration n’a plus trop d’objet pour les sauvegardes de plus d’un an, puisque MEDICOM-X permet de retrouver sur son ordinateur tous les dossiers patients ancien beaucoup plus simplement et beaucoup plus rapidement que sur  l’échographe.
  • En effet on remarque que la recherche d’un dossier sur l’échographe, sur une période qui dépasse 3 mois par ViewPoint est extrêmement lente (plusieurs secondes, voire plusieurs dizaines de secondes) ce qui est assez dissuasif
  • Le fait d’avoir rapatrié tous les dossiers anciens sur son Ordinateur, permet de purger les fichiers sur l’échographe et d’accélérer ainsi  la recherche en allégeant considérablement sa charge mémoire. (Il faut bien sur penser à supprimer du disque de l’échographe tous les fichiers en double inutiles)
  • De plus l’accès au dossier, par l’ordinateur, permet de visualiser les images dès l’accueil du patient au bureau, et fait encore gagner du temps.

SAUVEGARDE EN PRATIQUE:

• La sauvegarde d’un disque quasi plein (plusieurs années) prend plusieurs heures (car les dossiers sont décompressés, traités l’un après l’autre et dans chaque dossier, chaque image est traitée / archivée une par une) , elle se fera donc la nuit.
• Il est donc conseillé de la faire plus régulièrement (compter environ 1 minute par jour, soit 1 mois = 30 minutes)
• En fait il est surtout utile de garder les dossiers grossesses complets (réalisation de courbe de suivi, sur la totalité des mesures), par contre ceux ci comportant énormément de clichés, il est conseillé de les archiver dès l’accouchement.
• En gynécologie la surveillance de la croissance d’un Kyste ou d’un Fibrome nécessite rarement plus d’un an de recul.
• De même pour les cycles de stimulation, dont la conservation d’images nombreuses et répétitives de follicules, perd beaucoup de son intérêt après quelques mois.

Structure de l’archive MEDISON

• L’archive MEDISON-DICOM écrit sur la “disquette ”
  • Un DOSSIER MDX1
  • Et 2 fichiers :
    • DicomDir au format dicom (sans extension) et qui comporte la liste et les données de toutes les images archivées
    • MedisonBackup.mdb (Base de données au format ACCESS-Microsoft utilisé pour la restauration)

MEDICOM-X n’utilise ni DicomDir, ni MedisonBackup

Structure du Dossier MDX1 :

• MDX1 comporte un dossier image (_1_)
  • IMAGE est le seul dossier qui va nous intéresser !
• Il comporte plusieurs sous-dossiers DATE (_2_)
  • L’échographe enregistre tous les examens du jour dans un même dossier au nom unique
    • ce nom est formé du Triplet ANNEE+MOIS+JOUR (ainsi 20140429 correspond à tous les examens faits le 29 Avril 2014)
    • Comme l’échographe  génère un dossier par date, on comprend qu’il va être très simple de fusionner plusieurs générations d’archives en copiant  simplement les dossiers DATE de l’archive vers notre dossier IMAGE de travail.
    • On comprend aussi que les fichiers DICOMDIR ne peuvent être utilisés car ils sont spécifiques d’une génération d ‘archive, et ne peuvent donc être ni remplacés ni fusionnés)
    • L’avantage du Format ANNEE+MOIS+DATE est le classement automatique des dossiers par ordre chronologique.
• Chaque Dossier “DATE” comporte une série de sous-dossiers “E“, qui correspondent à tous les examens effectués dans la journée, numérotés dans l’ordre de réalisation
  • Dans l’exemple : E0001 pour le 1er de la liste et E0010 pour le dernier

Structure de l’Examen Échographique :

• Chaque dossier EXAMEN comporte un certain nombre de Fichiers I comme IMAGE
  • Les dossiers en rapport avec une même image porte le même nom (_4_)
    • I00015
    • I00015.BMP
    • I00015.CNE
  • Le Fichier Ixxx.BMP correspond à l’image au format dit “sans perte” Bitmap“, qui peut être visualisée directement dans l’explorateur.
    • On pourrait s’arrêter la, sauf que pour retrouver un patient, il faut :
      1. retrouver sa date d’examen,
      2. et ensuite visualiser les images l’une après l’autre pour savoir à qui elles appartiennent. (le nom est sur l’image)
    • On constate que le format BMP est un fichier lourd qui prend de la place (environ 2,3 Mo par photo)
  • Le fichier Ixxx, est le fichier DICOM qui correspond à l’image BMP; (même poids)
    • Il a la même taille que l’image, car il comporte l’image sous forme codée
    • En plus il comporte une entête de quelques lignes (mentionnant les caractéristiques de l’appareil (constructeur, Modèle), de l’opérateur, la date, l’heure et le nom du patient)
      • Cette entête est codée au format BINAIRE,de façon à la rendre compacte (mais surtout ésotérique pour le néophyte, de façon à rendre impossible sa lecture sans logiciel dédié et facturé au prix que vous savez. Quant à la performance de ce type de codage, il n’est qu’à  voir le temps rédhibitoire que met ViewPoint pour la décoder sur des milliers d’examens pour comprendre la finalité de ce mode de verrouillage)
      • MEDICOM-X en convertissant toutes les images au format JPEG (sans perte – 1 photo toujours < 0,2 Mo soit 20 fois moins que BMP) et toutes les mesures au format TEXTE permet de diviser le volume de l’archive par quasi 50 , en augmentant d’autant la rapidité du moteur de recherche et d’affichage. – ce qui permet  en clair de stocker 50 ans d’échographie ou MEDISON-Backup en stocke à peine 1)
  • L’utilité des fichiers CNE reste à explorer.
  • Enfin le dernier ficher de la liste I0064, au format DICOM-BINAIRE fournit un compte rendu de l’examen contenant toutes les données mesurée et les calculs qui s’y rattachent (Age Gestationnel, Poids, Percentiles…) C’est le seul fichier qui n’a pas d’image correspondante.

Algorithme MEDICOM-X

1. Medicom-X liste tous les EXAMENS présents dans le dossier IMAGE (_1_)
2. Dans chaque EXAMEN il va (_3_)
   1. Localiser l’image (BMP) et la convertir en JPG
   2. Localiser le fichier DICOM satellite et en extraire le texte (fichier JPT = Join Picture text)
      • A partir de la date de l’extraction de la date de l’examen et du nom du patient, il va:
        1. créer un dossier personnel au NOM DU PATIENT,
        2. Puis y créer un nouveau dossier DATE au format ANNE-MOIS-JOUR plus lisible (20140429 devient 2014-04-29)
   3. Ensuite localiser le dernier fichier DICOM des MESURES (le seul qui n’a pas d’image attachée)
3. Recopier l’ensemble des images compressées et du texte filtré dans ce nouveau dossier.

Medicom-X en vidéo

• Démonstration de la simplicité de fonctionnement du converteur et du gain de place divisé par 50 !!!
• Soit 1 jour d’archive = 488 Mo avant 11 Mo ensuite.

MODE PLEIN ÉCRAN RECOMMANDE